目前，學部各單位建有公共經濟與公共政策研究中心，重慶大學中國公共服務評測與研究中心，中國欠發達地區經濟發展研究院，現代技術經濟及管理研究基地，重慶市協同創新知識產權研究中心，重慶大學國家網絡空間安全與大數據法治戰略研究院等研究機構。
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